分子动力学模拟指南

本指南涵盖使用 GROMACS 2022.2 进行蛋白质-配体分子动力学模拟的完整流程。

指南目录

• 00 — 环境安装：Conda 与 GROMACS
• 01 — 蛋白质-配体分子动力学模拟完整流程
• 02 — 轨迹分析与可视化
• 03 — 自由能形貌图（FEL）绘制完整指南

配套脚本

scripts/ 目录中包含所有分析绘图脚本。

系统要求

• Linux / macOS
• GROMACS 2022.2
• Python 3 + numpy, matplotlib, scipy