00 — 环境安装：Conda 与 GROMACS

本文档详细介绍如何从零开始安装 Conda 和 GROMACS 2022.2，配置分子动力学模拟所需的环境。

1. 安装 Miniconda

Miniconda 是 Python 的轻量级包管理器，用于创建隔离的计算环境。

# 下载 Miniconda 安装包（清华镜像，国内速度快）
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py38_4.10.3-Linux-x86_64.sh

# 运行安装脚本
bash Miniconda3-py38_4.10.3-Linux-x86_64.sh

# 激活 Conda（安装完成后执行）
source miniconda3/bin/activate

# 初始化 Conda 到 Shell 配置中（下次登录自动激活）
conda init bash

提示：安装过程中会询问安装路径，建议使用默认路径 ~/miniconda3。安装完成后请重新打开终端或执行 source ~/.bashrc。

2. 配置国内镜像源（加速下载）

使用清华 TUNA 镜像源可大幅加快软件包下载速度：

conda config --add channels http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
conda config --add channels http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

验证配置：执行 conda config --show channels 查看已配置的镜像源列表。

3. 创建并配置 GROMACS 环境

3.1 创建虚拟环境

# 创建名为 gmx 的独立环境
conda create -n gmx

3.2 安装 GROMACS

# 激活环境后安装 GROMACS 2022.2
conda activate gmx
conda install gromacs=2022.2

版本说明：GROMACS 2022.2 是稳定版本，支持 GPU 加速（CUDA/OpenCL）。如需其他版本，可执行 conda search gromacs 查看可用版本。

3.3 安装辅助 Python 包

# networkx：用于图论分析（如氢键网络分析）
conda install networkx=2.3

# 安装 GROMACS 所需 GPU/OpenCL 运行时环境
conda install pocl oclgrind intel-compute-runtime beignet ocl-icd-system

4. 环境管理常用命令

# 激活 gmx 环境
conda activate gmx

# 退出当前环境
conda deactivate

# 查看所有环境
conda env list

# 查看当前环境已安装的包
conda list

# 删除环境（如需重装）
conda remove -n gmx --all

5. 验证安装

执行以下命令确认 GROMACS 安装成功：

conda activate gmx
gmx --version

正常输出应包含：

GROMACS: gmx, version 2022.2
Executable:   /path/to/gmx
...

6. 常见问题

Q1: wget 命令未找到

# Ubuntu/Debian
sudo apt install wget
# CentOS/RHEL
sudo yum install wget

Q2: Conda 下载速度慢

• 确认已正确配置清华镜像源（见第 2 节）
• 或使用 -c 参数临时指定镜像：conda install gromacs=2022.2 -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/

Q3: GPU 加速不起作用

• 确保已安装 NVIDIA 驱动和 CUDA Toolkit
• 执行 nvidia-smi 检查 GPU 是否可用
• GROMACS 可通过 gmx mdrun -v -deffnm md100 -gpu_id 0 指定 GPU