申博方向与课题组推荐 — 研究所篇

个人背景：211 本（华中农业大学），硕士课题涉及虚拟筛选、靶点验证、动物模型 目标方向：AI 药物辅助筛选 → 靶点验证 → 药物制剂研发（全链条） 偏好策略：路径 B — 主导师做 AI 筛选+验证，副导师/合作导师做制剂 目标层级：中科院各研究所 + 其他国家级科研院所 | 排除大西北和东北地区 | 2026 年更新

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目录

1. 中国科学院上海药物研究所（SIMM）
2. 中国科学院深圳先进技术研究院（SIAT）
3. 中国科学院上海有机化学研究所（SIOC）
4. 中国科学院广州生物医药与健康研究院（GIBH）
5. 中国科学院过程工程研究所（IPE）
6. 中国科学院计算技术研究所（ICT）
7. 中国科学院自动化研究所（IA）
8. 中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）
9. 中国科学院上海营养与健康研究所（SINH）
10. 中国科学院天津工业生物技术研究所（TIB）
11. 中国科学院昆明植物研究所（KIB）
12. 中国科学院成都生物研究所（CIB）
13. 中国科学院武汉病毒研究所（WIV）
14. 中国科学院青岛生物能源与过程研究所（QIBEBT）
15. 中国科学院杭州高等研究院（HIA）
16. 中国科学院宁波材料技术与工程研究所（NIMTE）
17. 军事医学研究院
18. 中国医学科学院药物研究所
19. 国家纳米科学中心
20. 临港实验室
21. 广州国家实验室

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1. 中国科学院上海药物研究所（SIMM）

地点：上海浦东张江 地位：国内药物研发领域最强研究所，药学 A+ 学科 博士招生：每年约 108 人，药物设计学专业学制 4 年（申请-考核制）

郑明月 研究员 ⭐ 强烈推荐

• 职务：课题组长、博导
• 头衔：国家杰出青年科学基金获得者
• 方向：基于 AI 和大数据的精准药物设计、深度学习药物分子设计、药物表示学习、生成式药物设计
• 重要成果：
• 构建超大规模成药性分子数据库 DrugSpaceX（含超 1 亿种新分子）
• 开发 TransformerCPI2.0（Nat Commun, 2023）、EquiScore（Nat Mach Intell, 2024）、SurfDock（Nat Methods, 2025）
• 与华为合作开发 盘古药物分子大模型
• Kaggle 分子翻译全球挑战赛冠军（αExtractor 系统）
• 成果：SCI 200+ 篇，主编《人工智能与药物设计》
• 招生：正在招 2026 级联合培养博士生
• 契合度：⭐⭐⭐⭐⭐

徐志建 研究员

• 职务：课题组长、博导
• 头衔：国家优秀青年科学基金获得者
• 方向：AI 药物设计、虚拟筛选平台开发、化学信息学、计算化学与生物学
• 重要成果：
• 开发 D3DOCKxb 对接软件（日筛选 4200 万化合物）
• 构建综合性靶标预测与虚拟筛选平台 D3CARP
• 开发 AI 多模态药物-靶标关联预测技术 MultiDTI（Nat Commun 等）
• 开发 D3Pockets 蛋白质口袋动力学分析软件
• 成果：SCI 100+ 篇，专利 51 项，软件著作权 6 件
• 备注：博士师从朱维良研究员
• 契合度：⭐⭐⭐⭐⭐

许叶春 研究员

• 方向：基于靶标结构的药物设计、计算机辅助先导化合物发现与优化
• 契合度：⭐⭐⭐⭐

罗成 研究员

• 方向：基于结构的先导化合物发现与优化、分子模拟与药物设计
• 契合度：⭐⭐⭐⭐

于坤千 研究员

• 方向：计算机辅助药物设计、分子模拟、抗感染药物研发
• 契合度：⭐⭐⭐⭐

朱维良 研究员

• 方向：分子模拟、药物设计、虚拟筛选、计算化学
• 契合度：⭐⭐⭐⭐
• 备注：资深研究员，徐志建的导师

陈凯先 院士

• 方向：计算机辅助药物分子设计方法研究（奠基人之一）
• 契合度：⭐⭐⭐
• 备注：年事较高

谢欣 研究员

• 职务：国家新药筛选中心副主任
• 方向：GPCR 信号通路、高通量药物筛选
• 契合度：⭐⭐⭐

陆晓杰 研究员

• 方向：DNA 编码化合物库（DEL）筛选、PROTAC
• 契合度：⭐⭐⭐
• 备注：新技术筛选平台方向

段文虎 研究员

• 职务：化学药物研发中心主任
• 方向：抗肿瘤靶向药物设计与合成、候选新药临床前研究
• 契合度：⭐⭐⭐（偏药化）

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2. 中国科学院深圳先进技术研究院（SIAT）

地点：深圳 博士招生：每年约 61 人（含生物医学工程、计算机应用技术等） 特色：设有独立的计算机辅助药物设计研究中心，拥有瑞士科学院院士 1 名

袁曙光 研究员

• 职务：计算机辅助药物设计研究中心主任、博导
• 方向：GPCR 分子机理、计算机辅助药物设计、AI 药物筛选平台
• 契合度：⭐⭐⭐⭐⭐

Horst Vogel 院士

• 头衔：瑞士科学院院士、博导
• 方向：计算机辅助药物设计、膜蛋白结构
• 契合度：⭐⭐⭐⭐

於邱黎阳 研究员

• 方向：蛋白工程、药物设计、合成生物学
• 契合度：⭐⭐⭐⭐

魏彦杰 研究员

• 职务：高性能计算中心主任、博导
• 方向：蛋白质折叠与 AI 药物筛选、高性能计算、组学大数据
• 契合度：⭐⭐⭐⭐
• 备注：计算资源强

吴方睿 副研究员/博导

• 方向：基于结构的计算机辅助药物设计、化合物库构建及筛选
• 契合度：⭐⭐⭐⭐

殷鹏 副研究员/博导

• 方向：生物医学大数据、多组学 AI 算法、基因-蛋白-药物关联预测
• 契合度：⭐⭐⭐⭐

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3. 中国科学院上海有机化学研究所（SIOC）

地点：上海 特点：有机化学全国第一，药物化学生物学交叉强

陈志翔 研究员

• 单位：生物与化学交叉研究中心
• 入职：2024 年（新引进）
• 方向：靶向蛋白降解（PROTAC/分子胶）、新型 E3 连接酶配体开发、抗炎症药物发现
• 成果：Nat Genet、Nat Commun、JACS、J Med Chem
• 契合度：⭐⭐⭐⭐
• 备注：正在大力招聘博后/学生，机会多

汤文军 研究员（国家杰青）

• 方向：药物绿色合成、不对称催化
• 背景：曾任 Boehringer Ingelheim 首席科学家
• 契合度：⭐⭐⭐（偏有机合成）

马大为 院士

• 方向：有机合成、药物发现
• 荣誉：未来科学大奖（2018）
• 契合度：⭐⭐⭐（偏合成方法学）

唐功利 研究员

• 方向：天然产物生物合成、微生物药物发现
• 契合度：⭐⭐⭐

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4. 中国科学院广州生物医药与健康研究院（GIBH）

地点：广州

许永 研究员

• 职务：化学生物学与药物研究中心主任、博导
• 方向：药物化学 + 计算机辅助药物设计、核受体药物、表观遗传学药物
• 背景：中科院上海药物所博士，美国博士后
• 成果：Nature、Science、Nat Med 等 100+ 篇
• 契合度：⭐⭐⭐⭐⭐
• 备注：干湿结合，有博士后招聘

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5. 中国科学院过程工程研究所（IPE）

地点：北京

袁野 研究员

• 方向：AI 驱动的生物医药研究、AI 大模型与 RNA 药物设计、蛋白质 AI 从头设计、靶点发现与高通量筛选
• 招生：2026 年直博招生中
• 契合度：⭐⭐⭐⭐⭐
• 备注：AI 方法学导向，方向前沿

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6. 中国科学院计算技术研究所（ICT）

地点：北京 特点：计算机基础研究国家队

卜东波 研究员

• 方向：AI 辅助蛋白质结构预测与设计、生物信息学、计算算法
• 契合度：⭐⭐⭐⭐
• 备注：偏算法/计算，实验验证需合作

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7. 中国科学院自动化研究所（IA）

地点：北京

杨戈 研究员

• 方向：科学 AI（AI for Science）、计算生物学、生物信息学
• 招生：2026 年申请-考核制博士
• 契合度：⭐⭐⭐⭐

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8. 中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）

地点：北京

相关方向

• 涉及生物信息学、多组学数据挖掘、AI 药物靶点发现
• 2026 年博士申请-考核制招生
• 契合度：⭐⭐⭐

可关注的导师

• 需查询具体导师名单，建议访问国家生物信息中心官网

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9. 中国科学院上海营养与健康研究所（SINH）

地点：上海 特点：生物医学大数据+AI

李亦学 研究员

• 职务：生物医学大数据中心主任、AI 与数字健康部主任
• 方向：生物信息学、系统生物学、AI 大模型临床医学应用
• 引用：>25,000 次，H-index 78
• 契合度：⭐⭐⭐⭐

黄涛 研究员

• 职务：AI 与数字健康部执行主任
• 方向：生物医学大数据的机器学习和网络分析
• 荣誉：Elsevier 中国高被引学者、全球前 2% 顶尖科学家
• 契合度：⭐⭐⭐⭐

张国庆 研究员

• 职务：生物医学大数据中心副主任
• 方向：生物医学大数据与 AI、知识图谱、多组学数据分析
• 契合度：⭐⭐⭐⭐

李虹 研究员

• 方向：肿瘤精准用药 AI 分析、单细胞组学智能分析
• 荣誉：国自然优青
• 契合度：⭐⭐⭐⭐

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10. 中国科学院天津工业生物技术研究所（TIB）

地点：天津 特色：IT+AI+BT 交叉

盛翔 研究员

• 职务：蛋白计算模拟与设计研究组组长
• 头衔：国家重点研发计划青年首席科学家
• 方向：AI + 多尺度计算设计新型人工酶、深度学习动力学模拟
• 成果：Nat Commun、JACS、Angew Chem 等 70+ 篇
• 契合度：⭐⭐⭐⭐
• 备注：偏酶设计/蛋白质设计

江会锋 研究员

• 方向：新酶设计与改造、AI 辅助蛋白质功能预测、合成生物学
• 契合度：⭐⭐⭐

马红武 研究员

• 职务：生物设计中心主任
• 方向：AI 功能预测和设计工具开发、代谢网络模型
• 成果：Science、Nucleic Acids Res、Nat Commun 等 100+ 篇
• 契合度：⭐⭐⭐⭐

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11. 中国科学院昆明植物研究所（KIB）

地点：昆明 特色：植物化学与天然产物全国重点实验室

王永翠 研究员

• 方向：计算机辅助药物设计、大数据医疗、机器学习药物筛选
• 项目：基于机器学习的抗肝癌靶标预测及新颖倍半萜二聚体筛选（2024-2027）
• 契合度：⭐⭐⭐⭐⭐
• 备注：结合天然产物+AI 筛选

江世友 研究员

• 方向：AI 驱动的新药研发、胆固醇代谢性疾病药理学
• 契合度：⭐⭐⭐⭐
• 备注：正在招聘 AI/生物信息学博士后

陈纪军 研究员

• 职务：植物化学与西部植物资源持续利用国家重点实验室主任
• 方向：中药药效物质、抗抑郁/抗乙肝新药研发
• 契合度：⭐⭐⭐（偏传统天然药物化学）

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12. 中国科学院成都生物研究所（CIB）

地点：成都 特色：天然产物药物筛选

廖循 研究员

• 方向：天然产物化学、生物有机分析、"配体垂钓"快速筛选技术
• 契合度：⭐⭐⭐⭐
• 备注：筛选技术方法有特色

王飞 研究员

• 方向：化学生物学 + 药物化学、JAK/STAT 信号通路调控、中药物质基础
• 招生：药物化学（100701）、药理学（100706）
• 契合度：⭐⭐⭐⭐

姬建新 研究员

• 方向：活性天然产物发现及构效关系、药物设计与合成
• 契合度：⭐⭐⭐

张国林 研究员

• 方向：天然产物结构多样性、活性机制、药物研究与开发
• 荣誉：国务院特贴
• 契合度：⭐⭐⭐

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13. 中国科学院武汉病毒研究所（WIV）

地点：武汉 特点：抗病毒药物筛选方向

邱洋 研究员

• 头衔：国家优青、湖北省杰青
• 方向：抗病毒药物筛选、RNAi 抗病毒免疫、小核酸抗病毒药物
• 亮点：靶向病毒 VSR、基于 AI 的小核酸抗病毒新策略
• 成果：Immunity、Cell Host Microbe、Nat Microbiol、Cell Res 等
• 契合度：⭐⭐⭐⭐⭐
• 备注：武汉本地，药物筛选方向明确

肖英红 研究员

• 头衔：国自然海外优青
• 方向：RNA 病毒新型抗病毒治疗手段、核酸药物、疫苗佐剂
• 成果：Cell、Nat Commun、Cell Host Microbe、Nat Microbiol
• 契合度：⭐⭐⭐⭐

王曼丽 研究员

• 职务：抗病毒研究中心副主任
• 方向：高致病性病毒（CCHFV、SARS-CoV-2）药物研究
• 成果：SCI 70+ 篇，引用 >8,900
• 契合度：⭐⭐⭐⭐

关武祥 研究员

• 职务：武汉分院副院长（曾任病毒所副所长）
• 方向：BSL-4 病原抗病毒药物及分子靶标筛选
• 契合度：⭐⭐⭐⭐

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14. 中国科学院青岛生物能源与过程研究所（QIBEBT）

地点：青岛

徐健 研究员

• 职务：单细胞中心主任、生物能源部主任
• 头衔：国家杰青、万人计划领军人才
• 方向：AI 驱动的单细胞代谢表型组学、拉曼组技术、肿瘤药物筛选、抗感染精准用药
• 教育背景：北大生物技术学士 + 华盛顿大学计算机科学硕士 + 生物化学博士
• 成果：Science、Cell Host Microbe、Nat Commun 等 130+ 篇，H-index 50
• 契合度：⭐⭐⭐⭐
• 备注：AI+药物筛选交叉极强

马波 研究员

• 职务：单细胞中心副主任、微流控系统团队负责人
• 方向：高通量拉曼单细胞分选、临床精准用药指导仪器开发
• 契合度：⭐⭐⭐

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15. 中国科学院杭州高等研究院（HIA）

地点：杭州

左之利 研究员

• 方向：计算机辅助药物设计（CADD）、神经退行性疾病/抗肿瘤药物研发
• 契合度：⭐⭐⭐⭐
• 备注：杭州区位好，和上海药物所有合作

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16. 中国科学院宁波材料技术与工程研究所（NIMTE）

地点：宁波

张建涛 研究员

• 方向：药物制剂材料与技术、智能医学信息处理
• 契合度：⭐⭐⭐（偏材料方向）
• 招生：https://zhangjiantao.nimte.ac.cn/

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17. 军事医学研究院（北京）

地点：北京 隶属：军事科学院 特色：毒物药物研究所，国家药物筛选体系

伯晓晨 研究员 ⭐ 强烈推荐

• 职务：院科技委委员
• 头衔：国家"万人计划"科技领军人才
• 方向：AI 赋能药物发现、药物毒性预测、药靶相互作用
• 亮点：
• Nat Mach Intell（2024）：NYAN 框架预测分子毒性
• Nat Commun（2025）：EviDTI 药靶相互作用预测新范式
• Adv Sci（封面论文）：机器学习赋能药物毒性预测
• Nat Biotechnol（2024）：单细胞多组学 AI 算法 MIDAS
• 契合度：⭐⭐⭐⭐⭐
• 备注：团队年轻化、国际化，方法学驱动

李松 院士

• 单位：毒物药物研究所
• 方向：CADD 大规模药物筛选（国内先行者）
• 荣誉：中国工程院院士（2015）
• 契合度：⭐⭐⭐
• 备注：年事较高（1963 年生）

何松 副研究员（与伯晓晨联合培养）

• 方向：AI 赋能药物发现与毒性评价
• 契合度：⭐⭐⭐⭐

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18. 中国医学科学院药物研究所

地点：北京 隶属：中国医学科学院 / 北京协和医学院

相关方向

• 天然药物化学、药物筛选、药物设计
• 拥有药物筛选中心
• 需查询具体导师名单
• 契合度：⭐⭐⭐

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19. 国家纳米科学中心

地点：北京 隶属：中国科学院

相关方向

• 纳米药物递送系统、纳米制剂
• 作为制剂方向副导师的潜在选择
• 契合度：⭐⭐⭐（制剂方向备选）

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20. 临港实验室（上海）

地点：上海 性质：新型研发机构

"元生"（OriGene）AI 虚拟疾病生物学家

• 2025 年 6 月发布，国际首个专注于靶标发现与临床转化的多智能体 AI 系统
• 联合单位：临港实验室、上海 AI 实验室、上交大、复旦、MIT
• 在 TRQA 基准测试超越 DeepSeek-R1、GPT-4o
• 契合度：⭐⭐⭐⭐⭐
• 备注：新型机构，平台好，可关注招聘/招生信息

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21. 广州国家实验室

地点：广州 性质：国家实验室

相关方向

• 呼吸系统疾病药物研发、AI 药物设计、靶点发现
• 与广州生物医药与健康研究院有合作
• 契合度：⭐⭐⭐⭐
• 备注：国家实验室级别，资源和平台顶配

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优先推荐排名（研究所篇）

排名	研究所	推荐 PI	核心理由
1	上海药物研究所	郑明月	国内 AI 药物设计 TOP 组，杰青，华为合作
2	上海药物研究所	徐志建	虚拟筛选平台强，工具开发+实验验证结合
3	军事医学研究院	伯晓晨	AI 方法学前沿，Nat 大子刊连续发文
4	深圳先进技术研究院	袁曙光	独立 CADD 中心，深圳区位
5	上海有机化学研究所	陈志翔	PROTAC 前沿方向，新入职业扩招
6	天津工业生物技术研究所	盛翔	AI 蛋白质设计特色
7	广州生物医药与健康研究院	许永	计算+药物化学交叉
8	昆明植物研究所	王永翠	天然产物+AI 筛选的独特组合
9	武汉病毒研究所	邱洋	武汉本地，抗病毒药物筛选
10	过程工程研究所	袁野	AI RNA 药物设计方向前沿

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研究所 vs 大学：选择策略建议

维度	大学（985）	研究所（中科院等）
学术自由度	更高，课程多	更低课程负担，专注科研
资源密度	分散	高度集中（设备、经费）
跨所/院合作	校内方便（如川大双导师）	跨所较麻烦
就业/读博后	985 牌子在产业端更响	中科院品牌在学术界极强
住宿/待遇	一般	中科院博士待遇普遍更高
适合人群	想要校园生活、跨学科合作灵活	想专注科研、快速出成果

建议：如果你的路径 B（双导师）策略需要两个不同方向（筛选+制剂）的紧密合作，大学环境（如川大、中南、武大）更灵活。如果你更想深入一个方向做到极致，中科院研究所（尤其是上海药物所）是更好的选择。

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本清单基于 2025–2026 年公开信息整理。建议在使用前逐一查询各导师的最新主页、招生名额和联系方式。

各导师的 UCAS 主页：https://people.ucas.ac.cn 中科院各所博士招生信息：https://admission.ucas.ac.cn